有害事業廢物皆依照環境部訂定「廢棄物清理法」規定作業，並訂定本校「事業廢棄物清理計畫書」(附件)，包含原、物料種類及用量與汙染物質流向資料(Pp.34-60)、廢棄物(含有害物質)清理方式(Pp.61-72)、廢水處理程序(Pp.79-80)、有害廢棄物緊急應變執行程序(Pp.83-84)。
「事業廢棄物清理計畫書」最近一次修改為112年，依現有可能產生之各項相關事業廢棄物新增及修改，送至高雄市環保局審查核定通過，一般、有害事業廢棄物皆依廢清書內容及程序處理。「事業廢棄物清理計畫書」有效期限為5年，屆滿前四個月至六個月申請展延，若有效期限內如內容有變更即隨時做修改並送至環保局審核同意後始得作業。