海洋生態與保育研究所自109學年度第一屆招生起，每年均有學生透過學術研究，執行該區域海域之水生生態監測工作，並將成果發表，以提供未來的研究及監測方向。

符合14.5.2 監測水生態系統

1.臺灣西部沿岸改良式底拖網調查之頭足類多樣性與時空分布(吳億鈴，111學年度畢)
2.2021年夏季金門沿海底棲軟骨魚類群聚結構分析與鱝總目優勢物種生活史特徵 (馬暐承，111學年度畢)
3.台灣周邊海域四種鯨豚組織中五種重金屬濃度與碳氮同位素之研究(田育如，111學年度畢)
4.馬祖海域露脊鼠海豚 (Neophocaena spp.) 鎘濃度和碳氮同位素分析之研究(方澤，111學年度畢)
5. 2022年秋季台灣西南部沿海底拖蟹類多樣性研究(陳宥家，111學年度畢)
6.比較誘餌式遠端水下攝影系統和水下視覺普查在時間和空間上魚類群聚的差異(陳加倫，112學年度畢)
7.不同海洋環境之顆粒態有機碳與釷-234 之比例(林亭曲，112學年度畢)